由于原子力顯微鏡是對(duì)固定在表面的樣品進(jìn)行成像，所以固定樣品的載體(基底)對(duì)于能否得到理想的結(jié)果是至關(guān)重要的。一個(gè)理想的基底應(yīng)具有以下特點(diǎn)：

　　在實(shí)驗(yàn)室環(huán)境下具有化學(xué)穩(wěn)定性、容易制備、相對(duì)便宜、能簡(jiǎn)便的進(jìn)行修飾并且能長(zhǎng)時(shí)間保存。對(duì)于許多分析目的而言，理想的基底應(yīng)包括較大范圍的相當(dāng)平整的區(qū)域，這點(diǎn)是相當(dāng)重要的。

　　原子力顯微鏡的成像載體種類比較多，根據(jù)研究工作對(duì)成像載體表面粗糙度及其它表面特性的要求可選擇云母片、硅片、玻璃片、金膜、生物膜、石墨等做基底，其中常用的是云母。云母是一種相當(dāng)平的基底，幾平方微米范圍內(nèi)的表面粗糙度只有幾埃，吸附能力強(qiáng)，價(jià)格便宜，容易剝離得到新鮮潔凈的表面，且可進(jìn)行化學(xué)修飾。云母的這些優(yōu)點(diǎn)決定了它是種理想的基底，能用于許多物質(zhì)的成像，如從DNA到活細(xì)胞的成像都能采用云母作為基底。金膜和硅片也用得比較多，雖然金膜較云母貴，但它易于與疏基化合物得用Au-S鍵形成牢固的共價(jià)鍵合。通過對(duì)其末端基團(tuán)進(jìn)行修飾、控制，可以得到不同性質(zhì)的表面。由于這種固定方法主要是利用結(jié)合比較強(qiáng)的Au-S鍵，所以固定效果好，無論原子力顯微鏡在大氣還是在液體中成像或進(jìn)行力曲線測(cè)定都可以。

　　目前，如何獲得更好的原子力顯微鏡成像載體以滿足不同實(shí)驗(yàn)要求方面的研究工作也是一個(gè)很有意義的研究方向。